海空運直航啟動後，兩岸的產業供應鏈將出現不小的變化，在要求更及時、更快速的條件改善後，中國大陸將成為製造型台商，在全球運籌系統中更重要的一環。
不論是傳產或高科技產業，因應客戶需求的全球運籌系統的建立，近年來更趨成熟；兩岸的台商供應鏈體系，未來在海空運的任督二脈都打通後，首先將為台商較擅長的現代物流業，創造出龐大的發展空間。
包括新竹、大榮等台灣市占率較高的物流業，幾乎都在直航前，就已在中國大陸設立據點，未來隨著兩岸產業互補性更高的時代來臨後，台資物流業在彼岸的發展將更為快速。
此外，由於物流配送的時間縮短，速度加快，原本供應原料與關鍵零組件給大陸廠加工組裝的模式，前段勞力密集作業放在彼岸將維持不變；但組裝出口的最後一道工序，部分高單價商品可能會移轉到台灣執行，以換取出口價格較高的利潤。
還有為了更進一步降低製造成本，一些中游產品的加工製作，台商將逐步釋放到大陸廠，一方面爭取中國大陸鼓勵產業升級的優惠，還能同步做Cost down，讓Ｍade in Taiwan的成本與品質都更有優勢。
海空運直航都開通的環境改變後，由於往後不須再經香港轉運，多數台商選擇投資地點，將深受是否擁有對台直航的港口或機場影響，舉凡被列為直航對象的城市，對台商招商將事半功倍。
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